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Según la teoría de un ancestro común, el estado de una población o individuo actual depende directamente de los cambios genéticos producidos en la población o individuo inmediatamente anterior. Esta dependencia entre eventos consecutivos se conoce en matemáticas como cadena de Markov. Esta demostrado matemáticamente que un proceso de tipo markoviano, como la evolución progresiva de las especies, debe dar como resultado una jerarquía anidada, es decir, una organización en la que los grupos de un determinado nivel pueden ser clasificados a su vez en grupos de un nivel superior. Aunque de forma subjetiva casi cualquier cosa puede ser clasificada de un modo jerarquizado, solo aquellos elementos en los que las características de cada generación dependan de la generación anterior pueden clasificarse objetivamente de modo que se obtenga una única jerarquía anidada. Veamos un ejemplo para cada caso:

Los coches: evidentemente los coches pueden ser clasificados siguiendo una jerarquía, podríamos empezar clasificándolos por su fabricante, los de cada fabricante podrían ser clasificados a su vez por su año de fabricación, dentro de los de cada año podríamos hacer una clasificación por colores, y así sucesivamente. Sin embargo, es también evidente que los criterios elegidos para la clasificación son subjetivos, cada persona podría elegir un orden distinto, clasificarlos primero por su color, después por su año de fabricación, etc.

Los idiomas: dado que los idiomas actuales son el fruto de modificaciones progresivas de antecesores comunes, estos pueden ser clasificados generalmente de forma objetiva. No tendría sentido incluir el español en la misma categoría que el alemán pero distinta del portugués. Este sería también el caso de los seres vivos si realmente proceden de un ancestro común.

En resumen, la clasificación de coches, libros, minerales (u organismos cuyas características hubiesen sido asignadas de modo independiente) dará como resultado un número elevado de árboles filogenéticos posibles, mientras que la clasificación de elementos que han ido variando progresivamente a partir de predecesores comunes solo podrán ser clasificados objetivamente en uno o un número muy reducido y poco variable de árboles filogenéticos.

Pues bien, el hecho es que la inmensa mayoría de las especies actuales pueden clasificarse de un modo muy sencillo siguiendo una jerarquía anidada. Esto es evidente en el uso del esquema de clasificación de Lineo. Basándonos en caracteres derivados compratidos podemos clasificar los organismos estrechamente relacionados en grupos (por ejemplo en géneros), varios géneros podrán ser a su vez agrupados en familias, las familias podrán ser agrupadas en órdenes, y así sucesivamente.

En el ejemplo específico de las plantas, estas pueden ser clasificadas en vasculares y no vasculares (según la presencia o ausencia de xilema y floema). Dentro de las plantas vasculares se encontrarían dos grupos, las plantas con semillas y las plantas sin semillas, dentro del grupo de plantas con semillas "anidarían" otros dos grupos, las angiospermas (semillas encapsuladas) y las gimnospermas (semillas no encapsuladas) y a su vez el grupo de las angiospermas podría dividirse en monocotiledoneas y dicotiledoneas.

Sería un problema para la clasificación objetiva si existiesen especies que combinasen características de grupos "anidados" en categorías distintas. Siguiendo con el ejemplo anterior, algunas plantas no vasculares podrían tener semillas, como las vasculares, pero eso no ocurre. Alguna planta gimnosperma (como los pinos) podría presentar flores, pero no se conoce ningún caso. Podría darse el caso de que algún ave tuviese glándulas mamarias o pelo, o que alguna especie de mamífero presentase plumas, no existen ejemplos para ninguno de los dos casos.

Si fuese imposible o muy difícil clasificar a cada especie siguiendo una jerarquía anidada objetiva (como ocurre con los coches, los libros, los elementos atómicos, los minerales, etc.) la macroevolución podría ser descartada. De hecho, si el árbol filogenético de los seres vivos presentase unos valores estadísticamente bajos respecto a su estructura jerárquica, la teoría del ancestro común podría ser tachada de falsa. Sin embargo, hasta el momento, las más de 1,5 millones de especies conocidas (la mayoría de ellas descubiertas con posterioridad a que Darwin presentase su teoría del ancestro común) encajan correctamente en un patrón jerárquico de clasificación objetiva. Este resultado no tendría ningún sentido si estuviésemos clasificando el resultado de creaciones independientes.